ตลอดเส้นทางเป็นระบบปิด (Close System) มีอาคารเก็บค่าผ่านทางทั้งหมด 9 แห่ง ได้แก่ ด่านบางปะอิน ด่านวังน้อย ด่านหินกอง ด่านสระบุรี ด่านแก่งคอย ด่านมวกเหล็ก ด่านปากช่อง ด่านสีคิ้ว และด่านขามทะเลสอ

การจัดเก็บค่าผ่านทาง ซึ่งคิดค่าธรรมเนียมตามระยะทางที่ใช้จริง โดยมีวิธีการจัดเก็บค่าผ่านทางทั้งแบบเงินสด (Manual Toll Collection : MTC) และแบบอัตโนมัติ (Electronic Toll Collection : ETC) โดยมีการปรับเพิ่ม[3]อัตราค่าผ่านทางตามดัชนีผู้บริโภค (CPI) ทุก 7 ปี

• รถยนต์ 4 ล้อ ค่าแรกเข้าอยู่ที่ 10 บาท และคิดเพิ่ม 1.25 บาท/กม. หากใช้บริการทั้งเส้นทาง ค่าบริการอยู่ที่ 255 บาท
• รถยนต์ 6 ล้อ ค่าแรกเข้าอยู่ที่ 16 บาท และคิดเพิ่ม 2.00 บาท/กม. หากใช้บริการทั้งเส้นทาง ค่าบริการอยู่ที่ 408 บาท
• รถยนต์มากกว่า 6 ล้อ ค่าแรกเข้าอยู่ที่ 23 บาท และคิดเพิ่ม 2.88 บาท/กม. หากใช้บริการทั้งเส้นทาง ค่าบริการอยู่ที่ 587.48 บาท